La División de Biología Experimental y Aplicada (DBEA) está dedicada a investigar, estudiar y resolver problemas biológicos de gran interés científico así como cuestiones biológicas de gran impacto en la economía y ecología regional. La División cuenta con tres departamentos:

Microbiología, encargada de estudiar problemas microbiológicos en áreas básicas de biología celular y molecular y aborda temas de interés vital a la economía de la región en materias agrícolas, industriales y ambientales.

Biología de la Conservación, que realiza investigaciones sobre la biodiversidad y el desarrollo sustentable de los ecosistemas y los recursos naturales en la región, para aplicar los conocimientos a problemas de conservación desde una perspectiva integral multidisciplinaria.

Biotecnología. Esta nueva unidad contará con un programa de postgrado en biología, el cual proporcionará un tronco común y orientaciones en Microbiología y Biología de la Conservación.